La erupción se cree que comenzó el 20 de marzo ,a unos 8 kilómetros al este del cráter del volcán, en la región de Fimmvörðuháls, donde es muy popular la práctica del senderismo.
Esta primera erupción no ocurrió en el glaciar y fue menor que la prevista por algunos geólogos, puesto que desde el 4 de marzo se había detectado una deformación del volcán, que presentaba una tasa de crecimiento de un centímetro diario, fruto del ascenso del magma, que fue acompañada de una serie de sismos, lo que hizo desalojar a los habitantes más cercanos al glaciar.
La erupción se dio en una fisura volcánica, abierta en el flanco oriental del volcán, a unos 1000 metros de . La lava pasó entre las capas de hielo de Eyjafjallajökull y Mýrdalsjökull. La erupción fue de tipo hawaiano con un índice de explosividad volcánica de 1. Estas fuentes de lava estuvieron acompañadas de un penacho volcánico de menos de un kilómetro de altura, que fue empujado por los vientos hacia el oeste y tuvo un impacto de tefra muy bajo. Estos fenómenos volcánicos fueron observados desde el aire por la mañana y la alta temperatura de la lava fue detectada por satélites equipados con sensores MODIS, de modo que las autoridades declararon el estado de emergencia en el sur de Islandia unas horas después del inicio de la erupción, obligando a la evacuación de los habitantes de Fljótshlíð debido al riesgo de inundaciones. Existen temores de la reactivación del volcán Katla, ya que se considera que ambos volcanes han estado relacionados en sus erupciones pasadas.
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